Below is a patch to add number formatting to percentages in phpPowerPoint Pie Charts:

Index: Shape/Chart/Series.php
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--- Shape/Chart/Series.php      (revision 71171)
+++ Shape/Chart/Series.php      (working copy)
@@ -101,6 +101,15 @@
         * @var boolean 
         */
        private $_showPercentage = false;
+        
+        /**
+        * $_percentFormat
+        *      Added to set the number format of series percent values.
+        *      2-5-2013 / David Lasley / dave -at- dlasley -dot- net
+        *
+        * @var str  (excel number format code) 
+        */
+       private $_percentFormat = '0.00%';
 
        /**
         * ShowLeaderLines
@@ -301,6 +310,33 @@
                $this->_showPercentage = $value;
                return $this;
        }
+        
+        /*
+         *  Adding percentage number formats
+         *  2-5-2013 / David Lasley / dave -at- dlasley -dot- net
+         */
+        
+        /**
+        * Get percentFormat
+        *
+        * @return str 
+        */
+       public function getPercentFormat() {
+           return $this->_percentFormat;
+       }
+       
+       /**
+        * Set percentFormat
+        *
+        * @param str $value Excel number format code
+        * @return PHPPowerPoint_Shape_Chart_Series
+        */
+       public function setPercentFormat($value) {
+               $this->_percentFormat = $value;
+               return $this;
+       }
+        
+        // End percentage format
 
        /**
         * Get ShowLeaderLines
Index: Writer/PowerPoint2007/Chart.php
===================================================================
--- Writer/PowerPoint2007/Chart.php     (revision 71171)
+++ Writer/PowerPoint2007/Chart.php     (working copy)
@@ -1160,7 +1160,15 @@
                                        
                                        // c:dLbls
                                        $objWriter->startElement('c:dLbls');
-                       
+
+                                               /*
+                                                *  Adding percentage number formats
+                                                *  2-5-2013 / David Lasley / dave -at- dlasley -dot- net
+                                                */                                     
+                                               // c:numFmt
+                                               if ($series->getShowPercentage()){
+                                                       $objWriter->startElement('c:numFmt');
+                                                       $objWriter->writeAttribute('formatCode', $series->getPercentFormat());
+                                                       $objWriter->writeAttribute('sourceLinked', '0');
+                                                       $objWriter->endElement();
+                                               }
+                                               
                                                // c:txPr
                                                $objWriter->startElement('c:txPr');
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